• 1966年 - 京都競馬場の芝2000mの4歳（現3歳）以上牝馬限定の別定の重賞競走、京都牝馬特別として創設。
• 1968年 - 施行距離を現在の芝外回り1600mに変更。
• 1976年 - 阪神競馬場の芝1600mで施行。
• 1979年
  • 京都競馬場の改修工事により中京競馬場の芝1800mで施行。
  • インターグロリアが史上初の連覇。
  • 柳田次男が調教師として史上初の連覇。
• 1980年 - 京都競馬場の改修工事により阪神競馬場の芝1600mで施行。
• 1983年 - 施行時期を1月末～2月始めに変更。それに伴い、出走条件も「4歳（現3歳）以上牝馬」から「5歳（現4歳）以上牝馬」に変更。
• 1984年
  • グレード制施行によりGIIIに格付け。
  • 積雪の影響でダート1400mで施行。
• 1990年
  • 阪神競馬場の改修工事による振替開催により阪神競馬場の芝1600mで施行。
  • リキアイノーザンが史上2頭目の連覇。
  • 清水出美が調教師として2人目の連覇。
• 1992年
  • 混合競走に指定。
  • 伊藤雄二が調教師として3人目の連覇。
• 1994年 - 京都競馬場の改修工事により阪神競馬場の芝1600mで施行。
• 2001年
  • 名称を現在の「京都牝馬ステークス」に変更。
  • 馬齢表示の国際基準への変更に伴い、出走条件が「5歳以上牝馬」から「4歳以上牝馬」に変更。
• 2005年 - 混合競走から国際競走に変更され、外国調教馬は4頭まで出走可能となる。
• 2007年
  • 日本のパートI国昇格に伴い、外国調教馬の出走枠が8頭に拡大。
  • 岩田康誠が騎手として史上初の連覇。

出走資格は、

サラ系4歳（旧5歳）以上のJRA所属の牝馬の競走馬

及び外国調教馬（8頭まで）。

負担重量は

別定で、

4歳は52キロ、5歳以上は53キロを基本

(開催日が2月2日以降の場合は4歳以上53キロを基本)とし、

更に日本調教馬は収得賞金額が1,200万円毎に1キロの負担が課せられ、

外国調教馬は4歳は54キロ、5歳以上は55キロを基本とし、

GI優勝馬は5キロ、GII優勝馬は3キロ、GIII優勝馬は1キロの負担が課せられるよう定められている
（ただし2歳限定G優勝は対象外）。

（1,600m以下の競走のアローワンス[1]が1月は1kg、2月は0kgとなっている。

開催日（天災地変その他やむを得ない事由により開催日の日取りを変更した場合における変更後の開催日を除く。）が
2日以上連続する場合において、それらの開催日の最初の日とその他の日におけるアローワンス
および南半球産馬の負担重量の減量が当該表に定めるところにより変更されることとなる場合については、
当該最初の日現在における当該表による重量をもってそれらの開催日におけるアローワンス
および南半球産馬の負担重量の減量とする。

より、開催日が2月1日(2009年はこれに該当する)の場合でも前日の土曜日が1月31日と1月なのでアローワンスは1kg）

総額賞金は

7,460万円で、

1着賞金3,900万円、2着賞金1,600万円、3着賞金980万円、

4着賞金590万円、5着賞金390万円と定められている





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